交通部長賀陳旦接受《財訊》訪問時，一一澄清這些疑慮，「軌道建設三十八項，只有四項是輕軌，我來就已經核定的淡海與安坑，新增加的只有基隆及新竹。」
駁毛治國，台鐵到處高架化才是災難
他也對毛治國提出「將台鐵的市區路線立體化（即高架），才是解決交通問題的最優先選擇」論點，感到詫異。賀陳旦表示，國人常去歐洲、日本，當地平交道很常見，這些平交道對於都市的發展，或者都市的縫合，並沒有那麼大的障礙；為什麼別的地方沒有把平交道當成是一個非要去消除的事？他認為，高架化付出的代價很高，這幾十年來台灣的公共建設，有相當程度都是放在鐵路立體交叉，相對於認為輕軌到處走會變成災難，「那全台灣鐵道經過都市、鄉鎮都要立體化，這才是災難吧？更要面對財務上的壓力。」
事實上，很多人也疑惑，為何不把台鐵「捷運化」，增加車站與發車頻率就好，有必要蓋捷運、設輕軌嗎？
「傳統的鐵路是重軌、也是長軌，不方便轉彎，只能服務比較快速的列車，」賀陳旦解釋，大家以為台鐵立體化就好像捷運，其實不然，假如只是把它抬高化、地下化，軌道還是在。今天台鐵還是有既成列車像自強號，也有通勤電聯車，快車、慢車交叉在一起，快車多少會被停在站上的慢車延遲；反過來說，快車要超越慢車時，慢車也只好在站上多等幾分鐘，到最後大家都要互相等待，既無法準時，整個載客容量也下降，「估計每增加一個站，容量要降低八到九％。」因此，他認為，過去都把立體化就以為是捷運化，地方再去加設一些車站，看起來站距短很像捷運，但沒想到路線容量會因此降低。
他解釋基隆輕軌，並不是像毛治國想的，輕軌走台鐵路廊的話，就會變成台鐵之外還要再加一條線，變成兩個軌道，平交道會拉大。
行政院長林全也解釋，基隆走原本的台鐵線，「現在最聰明的作法就是七堵作為調度線，台鐵不用新增軌道，只是讓出來讓輕軌可以使用，接到台北只有新增南港展覽館那條小段，只要花不到一百億，如果重新蓋一條，沒有一千億恐怕做不起來；重點是那段非常窄，是技術問題，所以我們盡可能以最有效率和省錢的方法。
觀光鐵路是新興計畫，其他路線都經過多年討論
賀陳旦則指出，材料與控制系統的技術進步，讓現在的輕軌效率更好，「電池比以前強壯、更快充電，控制技術會使得我們的車班可以發得比較密集，因為對於車子位置在哪裡、加速減速等，全都可以用電腦來做，不到一分半就可以發一班車。所以雖然車廂短，但發的班次多，就可以同樣運這麼多人。」
他回應毛治國的質疑表示，「並不是我們有什麼新主張，過去的政府也是在次要的城市規畫輕軌，而不是要用重軌，也不是如毛院長所說，輕軌走在路面上就會創造平交道，會阻礙交通。」他表示，當過去的政府核定了像安坑這樣的地方都做輕軌時，也不妨想想看那個地方的社區要怎麼養輕軌？「我們今天沒有主張遍地做輕軌，就這兩項而已，怎麼會講成將來會是災難？犯不著這麼武斷。」
對於外界認為軌道建設是未經仔細評估、匆促端出來綁樁的計畫，賀陳旦否認說，去年下半年開始，交通部由於發現最近這三年，公共運輸的市占率只有一六％，陷入瓶頸，就在盤點公共運輸系統；當決定前瞻計畫要納入軌道建設時，交通部則把原本已有的規畫案，端出來逐項檢視。 「現在已經放在特別預算裡面的，沒有任何一條線是以前沒討論過的，少則三年、多則十年，這些都不是新的，唯一新的是糖鐵與觀光鐵路，像東港配合恆春、大鵬灣這邊的觀光鐵路；糖鐵將來會不會變成比較大的投資，要看以後如何規畫和營運，但他不是拿來替代公車，糖鐵經過的路線，跟公車完全不一樣，是來做文史的、觀光用途的。」
捷運、輕軌尚不完整，不要看衰高雄
然而，由於高雄輕軌被譏評為「蚊子輕軌」，不免讓人懷疑輕軌建設的必要性。賀陳旦則為高雄辯駁，「高雄還沒完全蓋完整，大家犯不著這麼看衰高雄，它還要往愛河、駁二延伸，現在才六個站，延伸後就會有點規模。」他舉例，高雄在捷運紅線與橘線開始營運時，每天只有六、七萬人次，現在已有十七、八萬人次，高雄人慢慢適應捷運，不一定要靠機車了。
賀陳旦說，他個人主張台灣應該多發展公共運輸，台灣沒有理由在沒有任何政策之下，任由私人交通工具成長，「我們的能源負擔不起，我們的空間負擔不起，我們的空氣汙染負擔不起，所以應該要改變。」但他也承認，必須「先給再要」，先把公共運輸做起來，才能想辦法抑制汽機車的成長。
尤其他認為，科技進步、電子票證發達，運用在公共運輸上，可發揮極大的效用。例如，透過電子票證，可了解消費者使用行為，可以追蹤、調整，也可以優惠消費者轉乘，軌道加上公車等其他交通工具，就能互惠，「電子票證可以更準確的吸引這些人變成乘客，變成運量。」
然而，每個縣市都想發展軌道建設，如何認定急迫性與必要性，就成了人們口中「資源分配」或「分贓」的政治藝術。儘管林全說，「賀陳部長扮黑臉，由他把關各個計畫」，但大家還是相信，顏色主導一切，像台中捷運線延伸的彰化，就被質疑光靠一條孤零零的捷運、沒有路網，彰化人怎會有意願搭乘？
「任何一個要做的案子，我都會問地方政府能否培養出運量？所以這個捷運從烏日延伸到彰化，那就是彰化和台中地方政府合作，看能不能把五點多公里的路線，培養出運量來。」賀陳旦表示，「要生也要養」，地方政府要有清楚的營運計畫，需求到底怎麼估出來？如何逐年培養運量的計畫，地方政府必須證明自己準備好了，「今天不能夠把乘客找出來，將來就會變成長期的錢坑，這個責任要放在大家身上。」
尤其這些建設並不是「免費午餐」，地方必須在自償率裡面負擔一定百分比，依各地方的財政能力分擔，也要負責解決土地處理費用。也因此，為了讓計畫進行順利，這些雀屏中選的路線，多半沒有太多土地徵收問題，否則土地徵收不但曠日廢時，花費也將高得驚人，豈不大大折損「前瞻計畫」的名聲？
不是白吃的午餐，地方政府也要分擔財政
作為被立委、媒體點名最多的閣員，賀陳旦還是不改他「雖千萬人，吾往矣」的個性，直言「不必要的工程還是不要做」，只是他也知道，在地方對建設飢渴的心態下，他很難萬事say no。甚至他也再提「不放棄假日國道夜間收費的事，只是要再蒐集更多數據分析」。他強調，在數位化、資訊化時代，就可以把一些需求管理好，供給更到位、更準確，不一定凡事靠建設，要真的和國際接軌，檢視我們有沒有真正用資訊與科技，來讓我們資源做比較準確的應用。
